2 сентября 1991 года Нагорно-Карабахский областной и Шаумяновский районные советы народных депутатов Арцаха с участием депутатов советов всех уровней, на объединенной сессии приняли Декларацию о провозглашении Нагорно-Карабахской Республики (НКР).
Основываясь на волеизъявлении народа Нагорного Карабаха, выраженном путем состоявшегося 10 декабря 1991 года Республиканского референдума, Верховный Совет НКР 6 января 1992 г. утвердил Декларацию о независимости государства НКР. Таким образом, на древнеармянской земле Арцаха была возрождена независимая армянская государственность в отечественном единстве с Республикой Армения. Символично, что со звоном колоколов Гандзасара перекликались звуки ударов молотка армянского мастера-строителя, восстанавливающего первозданную красу монастырского комплекса. Вскоре к ним прибавился грохот орудий с полей сражений Арцаха. Бдительный глава Арцахской епархии вместе со своими соратниками, священнослужителями, находился на передовой линии освободительной борьбы.
Епархия имела потери: дьякон Гандзасара Рафаел Хачатрян (Тертер) (род. в 1964 г., в Мартакерте) погиб 16 ноября 1991 г. во время освобождения села Цамдзор Гадрутского района. В конце войны на границе погиб псаломщик Гандзасара Армен Товмасян. Освобождение Шуши (8—9 мая 1992 г.) было самой знаменательной победой в этой борьбе. После долгого молчания из Собора Аменапркич (Всеспасителя) вновь устремились ввысь, в небеса, молитвы благоговения. Божий храм, превращенный врагом в арсенал оружия разрушения, был расчищен от смертоносных ракет и стал символом духовно-национальных побед армянского народа. По словам епископа Паргева, “Невообразимая победа в Шуши стала одной из блестящих страниц армянской военной истории, показала доблесть и веру сынов армянского народа”.
Летом 1992 г. Шаумянский и Мартакертский районы подверглись разрушительным бомбардировкам врага, который оказался в нескольких километрах от Ванка и Гандзасара, на расстоянии артиллерийского выстрела. Местные отряды самообороны стояли насмерть, было много погибших и раненых. Враг начал стрелять и в сторону Гандзасара, однако, как говорил епископ Паргев, духовной силой мощей Св. Иоанна Крестителя, бомбы не падали на церковь. Во время литургии бомбардировка настолько усиливалась, что проповедь не была слышна, однако литургия не прекращалась. Из Арцаха в Ереван доходили тревожные вести. 15 августа 1992 г. по призыву Вазгена Саркисяна был сформирован полк Смертников. Идейным вдохновителем создания полка был епископ Паргев.
31 августа 1992 г. полк Смертников достиг села Ванк. Одна из его рот окопалась в окрестностях Члдрана, на позициях местных бойцов ополчения. День начался с артиллерийской бомбардировки и атаки врага. Член Союзов писателей и журналистов Армении, депутат Верховного совета РА, публицист Самвел Шахмурадян в своем дневнике отмечал, что освободительные бои за Члдран были тяжелыми. В то же самое время возглавляемый им отряд, движущийся в направлении Ванк-Вагуас, увидел сидящего в засаде врага. Армянские бойцы-освободители окопались, и началась перестрелка. На разных участках шли тяжелые бои и лишь благодаря успешным действиям бойцов-освободителей, стало возможным удержать линию фронта. Необходимо было защитить долину Хачена — от Ванка до Кичана. С. Шахмурадян сказал бойцам отряда: “Если оставим эти позиции, враг осквернит Гандзасар, что приведет в отчаяние все армянство. Нам некуда отступать”. Как было до Аварайрской битвы, когда некрещеные воины Св.Вардана принимали крещение и шли в бой, так и теперь, некрещеные бойцы ополчения в ночь перед сражением были крещены епископом Паргевом и священником Ованнесом в Гандзасарской церкви Св. Иоанна Крестителя. С. Шахмурадян отмечал, что после крещения (10 сентября), священник Ованнес во дворе Гандзасарского монастыря благословил бойцов-освободителей с убеждением грядущей победы. “После благословения слышится песня “Объединяйтесь армяне”. “Как лев, плечом к плечу” поет Кяж Самвел из Масиса, все вместе подпеваем, с высоко поднятыми кулаками. Возвращаемся в Ванк с песней и убежденностью в победе. Вот так Гандзасар пробуждает Дух, укрепляет его! Лица ребят светятся, мы братья. Утром в четыре идем в бой. Мы победим. По фронту высоты Вагуаса будет дан “ложный” бой, а лучшие отряды, в том числе и наш отряд, ударят с тыла. Завтра мы победим… Как прекрасна церковь Св. Иоанна Крестителя ночью, освещенная сотнями свечей бойцовосвободителей…”.
Эти слова являются последними строками дневника. На следующий день, 11 сентября Самвел Шахмурадян героически погиб в бою. В сентябре 1992 г. шли ожесточенные бои на всей территории Нагорно-Карабахской Республики (НКР), от “Лачинского (Бердадзор) коридора” до Мартуни и от Гадрута до долины Трту. Бомбардировщик врага ударил по монастырю Гандзасар, погиб радист, разрушилось здание монашеской братии, осколки бомбы повредили стены церкви, но Гандзасар выстоял. Осуждая попытку врага разрушить Гандзасар, епископ Паргев говорил, что это была “атака на наши души и посягательство на святая святых армян Карабаха, поскольку Гандзасар является душой нашего народа”. Вице-спикер Палаты лордов Британского парламента Кэролайн Кокс назвала монастырь Гандзасар “памятником твердой веры народа Карабаха”.
Баронесса Кокс, описывая свой визит в Гандзасарский монастырь, пишет: “Пока решается судьба Карабаха, Церковь пытается восстановить дух нации. Армянские епископы, прибывшие из армянской Диаспоры (Спюрк), воспользовавшись затишьем, совершили паломничество в Гандзасарский монастырь”. Баронесса рассказывает, что во время служения литургии паломники были очарованы песнопением четырех юных девиц. Описывая свое посещение Гандзасара в декабре 1992 г., фотожурналист из Франции, армянин Макс Сиваслян пишет, что, прибыв в село Ванк, он к концу дня вместе с 20 бойцами ополчения пришел в Гандзасар, где стал свидетелем литургии в память о жертвах землетрясения 1988 г.: “Когда мы вошли, — продолжает он, — литургия уже началась. Литургию служил священник Ованнес. Присутствовал глава Арцахской епархии епископ Паргев…”.
Как говорит храбро сражавшийся на полях Арцахской освободительной войны командир отряда “Корнидзор” майор Ара Худавердян (Аро Корнидзорa): “Когда до нас доносилось, что епископ Паргев находится на поле боя, мы сражались как окрыленные Богом”. В боях на прилегающих к Гандзасарскому монастырю территориях, как и на других фронтах Арцаха (НКР и освобожденные территории) в 1991—1994 гг. своим героизмом созидая победу в Арцахской освободительной войне, многие армянские воины-освободители увековечили свои имена. Имена воинов-освободителей, пожертвовавших свою жизнь ради свободы Отечества, вошли в героическую Гайкскую летопись.
Эдуард Л. Даниелян. Гандзасарский монастырь. Богословский центр “Гандзасар”. Ереван, 2009