Греки, властители страны, захотели препятствовать избранию нового патриарха с целью скорее склонить армян к переходу в греческое исповедание. Но бесплодность их происков, вызванные этими последними жалобы и тактика Гагика, царя Карсского, только что обменявшего свое царство на округ Амасию, заставили, наконец, императора Константина Дукаса утвердить в 1065 году назначение Григора Вахрама, сына Григора Магистроса, наместника имперской службы. Сын также занимал этот пост. Это назначение было обусловлено обязательством для нового патриарха Григора ІІ Вкайасера (Любящий Мучеников) отнюдь не обосновываться в Армении. Вследствие этого новый патриарх устроил свой престол в Заминтии, в новых владениях царя Гагика Карсского.
Патриаршество Григора ІІ Вкайасера длилось сорок лет (1065–1105). Он обладал эрудицией и отличался многими достоинствами, но его правление не ознаменовалось никаким выдающимся событием, что, по всей вероятности, происходило оттого, что патриарх нехотя исполнял обязанности своего сана; можно положительно сказать, что он принял их на себя с исключительной целью заместить долго остававшийся свободным патриарший престол, а никак не для серьезного выполнения патриарших функций. Он делил свое время между литературными занятиями и паломничествами в Палестину и Египет, предоставляя все заботы по управлению викариям, которых он назначил состоять при себе в качестве регентов (наместников), дав им неограниченные полномочия. Среди этих последних Геворк ІІІ Лореци (1069–1072), оказавшись не на высоте своей задачи, был смещен; но Барсег I Анеци (Василий), племянник Григора II, был деятельным и осмотрительным викарием, соединившим в себе всю ответственность и все прерогативы патриаршего сана (1085) вплоть до смерти своего дяди, после которого он был единодушно объявлен его преемником (1105).
Подразумевается, что патриарший престол во время этого периода находился в Заминтии, близ Амасии, но патриарх и его помощники имели там лишь временное пребывание. Барсег проживал то в Ани, то в Киликии и Комагене, куда начинали переселяться армяне, спасаясь от набегов татар. Монастырь Шугр, средоточие монашеской жизни, которая начинала развиваться в горах Сеав-Лер (Аманус), был избран обычной резиденцией, так как он был расположен на территории армянского княжества Киликия. Это княжество было основано Рубеном, происходившим из царства Ани, и сыном его Константином (1095–1110), князем, которому наследовал Торос, встретивший сильную поддержку патриарха Барсега в своих попытках расширить княжество и придать ему политическую организацию. Барсег умер от несчастного случая, при падении с крыши (1173). Он был замещен молодым Григором ІІІ Пахлавуни, имевшим возраст всего только двадцать лет, но кандидатура которого была выдвинута Григором ІІ, в виду выказанной им блестящей даровитости.
Административная бездеятельность Григора ІІ вызвала движение против патриарха, поднятое Саркисом Хонеци, Теодоросом Алахосиком и Погосом Варагеци. Тем не менее, это движение стихло благодаря энергии Барсега І. Архиепископ Давид Торникиан из Ахтамара воспользовался молодостью Григора ІІІ, как предлогом, чтобы объявить себя патриархом. С тех пор как престол был перенесен из Ахтамара в Аргину при Анании Мокаци, архиепископы Ахтамара заявляли исключительные притязания, к которым, впрочем, привыкли относиться с терпимостью.
Давид Торникиан, одаренный в высшей степени деятельной натурой, желая воплотить свои притязания, воспользовался молодостью Григора ІІІ, чтобы объявить незаконным его возведение на патриарший престол и захватить его в свои руки. Необычное собрание, состоявшее из 2500 духовных лиц при соучастии князей Киликии, осудило Давида, но, несмотря на это решение, антипатриархи Ахтамара и поныне удержали за собой свой престол, примирившись с метропольной Церковью.
Резиденция патриарха, до того времени постоянно менявшаяся, еще находилась в Сеав-Лере, когда власть перешла к Григору ІІІ в 1113 году. Спустя двенадцать лет он находился в замке Тцовк (Тюлук), принадлежавшем его семье, и где он пребывал в продолжение двадцати двух лет (1125–1147). Но, стремясь обладать жилищем, более приличествующим его сану, он успел вступить во владение замком Ромкла (Румкалэ), уступленным ему за деньги сыном графа Жослена, владельца Германикии (Мараша).
Армянские патриархи пребывали в Ромкле целых полтора века (1147–1293), пока замок не был взят египтянами. Затем патриархи основались в Сисе, столице Киликийского царства, где патриарший престол находился на протяжении полутора веков (1293–1441). Затем патриаршая резиденция еще раз была перенесена в Эчмиадзин. В общем, отсутствие, начиная с удаления из Двина и до возвращения в резиденцию начала христианства, продолжалось 540 лет (901–1441).
Архиепископ Магакия Орманян. Армянская церковь: Ее история, учение, управление, внутренний строй, литургия, литература, ее настоящее. 1913 год.